Создателем жанра музыкальной комедии в Азербайджане, также как и оперного жанра, является Узеир бек Гаджибейли. Премьера его музыкальной комедии «Муж и жена» написанной в 1909 году, состоялась 24 мая 1910 года в Баку, в здании цирка Братьев Никитиных. Именно с этой даты начинается становление Азербайджанского Музыкального Театра. В последующие годы были также поставлены всемирно известные музыкальные комедии Узеира Гаджибейли «Не та, так эта» (1911) и «Аршин мал алан» (1913).
До 1938 года музыкальные комедии ставились на сцене Азербайджанского Государственного Театра Оперы и Балета. В сентябре 1938 года театр получил статус Азербайджанского Государственного Театра Музыкальной Комедии с двумя труппами, выступающими на азербайджанском и русских языках.
Здание театра, построенное в 1883 году бакинским миллионером-меценатом Гаджи Зейналабдином Тагиевым является самым старинным театром города. В течение 2011-2013 годов, согласно распоряжения Президента Азербайджанской Республики господина Ильхама Алиева от 25 ноября 2010 года, в здании были проведены работы по капитальной реставрации и реконструкции, было установлено новейшее театральное оборудование. В 2013 году согласно решения Кабинета Министров Азербайджанской Республики за № 287 от 4 октября театр стал называться Азербайджанским Государственным Музыкальным Театром, что значительно расширило творческие возможности коллектива и показывать не только комедии, но и спектакли других жанров.
10 марта 2014 года, в Национальный День Театра, состоялось торжественное открытие Азербайджанского Государственного Музыкального Театра. В этот знаменательный день была показана программа «Это мы – музыкальный театр!». Ныне в театре работает большой, слаженный коллектив. Спектакли идут на азербайджанском и русском языках.
5 марта 2019 году распоряжением Президента Азербайджанской Республики театру был присвоен статус академического.
